La aparición de variantes más infecciosas del virus COVID-19 amenaza con retrasar la recuperación global y potencialmente frustrar la inmunidad de las vacunas actuales. Para ayudar a los gobiernos y las comunidades médicas a identificar y actuar más rápidamente sobre estas variantes, la Universidad de Oxford y Oracle han creado un sistema de análisis de patógenos global (GPAS) que combina la plataforma de patógenos escalable (SP3) de Oxford con Oracle Cloud Infrastructure (OCI). Esta iniciativa se basa en el trabajo de un consorcio financiado por Wellcome Trust, que incluye Public Health Wales, Cardiff University y Public Health England.
Utilizado por primera vez para la tuberculosis, el SP3 se reutilizó para unificar, estandarizar, analizar y comparar datos de secuencia de SARS-CoV-2, produciendo secuencias genómicas anotadas e identificando nuevas variantes y aquellas de interés. La capacidad de procesamiento de SP3 se ha mejorado con un extenso trabajo de desarrollo de Oracle, lo que permite un alto rendimiento y seguridad, además de la disponibilidad mundial 24x7 del sistema SP3 en Oracle Cloud. El sistema SP3 ahora proporcionará resultados completos y estandarizados del análisis de COVID-19 minutos después del envío a escala internacional. Los resultados se compartirán con países de todo el mundo en un entorno seguro.
Gracias a las amplias capacidades de machine learning en Oracle Cloud, los científicos, investigadores y gobiernos colaboradores de todo el mundo pueden procesar, analizar, visualizar y actuar por primera vez sobre una amplia colección de datos de patógenos COVID-19. Esto incluye la identificación de variantes de interés y su impacto potencial en la efectividad de la vacuna y el tratamiento. Por ejemplo, los paneles de análisis del sistema mostrarán qué cepas específicas se están propagando más rápido que otras y si las características genéticas contribuyen a aumentar la transmisibilidad y el escape de la vacuna. Oxford ya ha procesado la mitad de las secuencias de SARS-CoV-2 del mundo, más de 500.000 en total.
Last modified on 2021-06-07